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清涼寺始建于唐代中和四年（公元８８４年），是漢傳佛教禪宗中的法眼宗的發源地。法眼宗為南唐高僧文益禪師所創，因文益圓寂後得謚大法眼禪師而得名。法眼宗在禪宗中對佛教經典尤為看重，並以熔鑄經典義理而形成自己的宗風特色，其禪學思想及理論在中國佛教史上具有較高地位和價值，影響遠及日本、韓國及東南亞地區。
　　
　　 清涼寺住持理海法師表示，清涼寺是南京歷史最悠久的古剎之一，佛教中相傳為文殊菩薩道場。但建寺以來，歷遭毀廢。明代洪武３５年（公元１４０３年），明成祖朱棣重修，並題額清涼禪寺，法眼宗也在明代達到鼎盛時期。太平天國時期，清涼寺毀壞。到恢復重建前，僅存殿堂一座、瓦房５間，且年久失修。
　　
　　 理海法師介紹，目前清涼寺殿堂已修繕一新，正式對外開放；未來還將規劃修建一座標志性的弘法建築－－多寶閣，展示清涼寺佛教文化。他表示，希望海內外信眾能踴躍捐獻清涼寺流失的文物法器以及與清涼寺、法眼宗有關的各類文物、文獻等。